L'organe de direction principal de la JAF est le Conseil d'Administration.

Il est composé de 17 membres élus pour trois ans par les adhérents de l'association, réunis en Assemblée Générale Ordinaire.

Ces 17 administrateurs sont assistés d'un représentant du Conseil Permanent pour la Jeunesse (CPJ), organe composé d'anciens cadres de l'association apportant leurs expérience et conseils.

L'ensemble des votes et décisions concernant la gestion de la JAF se fait au niveau du CA, dont chaque membre est porteur d'une voix. Le représentant du CPJ ne participe donc qu'à titre consultatif. Le CA se réunit au rythme d'une fois par mois.

Le Conseil d'Administration nouvellement élu se réunit ensuite afin de nommer son Président, qui aura à charge de constituer le Bureau de l'association. Celui-ci est composé du Président, du ou des secrétaires, du trésorier et des responsables de Pôles.
Le bureau gère les affaires courantes de la JAF, ne nécessitant pas l'intervention du CA et doit référer au Conseil d'Administration de ses initiatives.

Les grandes décisions, afférentes aux statuts de la JAF ou à son organisation générale, sont prises lors des Assemblées Générales Extraordinaires, où une consultation de l'ensemble des adhérents est nécessaire.